目前多囊腎及合併多囊肝的病人，沒有很理想的能夠徹底根治的辦法。多數病人在囊腫不是特別大，沒有明顯的壓迫症狀的時候，一般是觀察病情，沒有很有效的控制增長的藥物。監測腎臟功能，肝臟功能，監測尿常規，若有化驗的改變，出現蛋白尿及血尿，可口服金水寶，黃葵膠囊等保腎藥及保肝藥。隨著多發的囊腫增大，囊液壓力對腎皮質逐漸增大。部分病人可能逐漸會出現腎臟皮質的受壓循環缺血，腎小球功能下降，最終會導致腎臟功能的衰竭。如果囊腫增長到很大，壓迫腎臟的組織，包膜牽拉，有明顯的腰痛，多囊肝的病人合併有腹脹腹痛的症狀，臨床上可以採取彩超引導下穿刺較大的囊腫，抽取囊液，來減少壓力，緩解症狀，但是經過一段時間囊腫還會增大。多囊腎的病人最終會腎衰竭，需要透析治療。