臨床上細菌性痢疾患者的診斷通常要根據發病季節、流行病學史、患者的症狀和體徵以及實驗室檢查結果進行綜合判斷，最終確診依賴於病原學檢查結果。菌痢的病原學檢查主要就是糞便培養，如果有痢疾桿菌生長就可確定診斷。需要注意的是，儘量在抗菌藥物使用前採集標本，儘量採集新鮮糞便的膿血部分，採集後及時送檢，建議多次採集、多次送檢可有助於提高培養陽性率。在診斷本病過程中要注意與其他多種腹瀉性疾病鑑別，如急性阿米巴痢疾，其他細菌性腸道感染如大腸埃希菌、空腸彎曲菌以及產氣單胞菌引起的腸道感染等。