腎功能不全失代償期能保持10-20年左右，腎功能不全失代償期肌酐值在178-442μmol/L，此期醫學上目前無特效藥物治療，主要是延緩腎功能的進展、保護殘餘的腎功能、避免腎毒性藥物的應用、控制血壓、減少蛋白尿。蛋白尿大於1g/24h，血壓控制在125/75mmHg，蛋白尿小於1g/24h，血壓控制在130/80mmHg。選用保護腎功能、減少蛋白尿的降壓藥，如血管緊張素轉化酶抑制劑和血管緊張素Ⅱ受體阻滯劑，並注意其副作用，如干咳、高鉀血癥、腎功能下降。
若出現乾咳不能耐受需停用，若出現高鉀血癥危及生命，需立即停用並降鉀治療，若出現肌酐兩個月內升高大於30%需停用。慢性腎衰竭腎功能失代償期呈慢性進行性進展，直至腎衰竭的終末期（尿毒症期），一旦出現尿毒症的症狀就要進行腎臟替代治療，如血液透析治療或腹膜透析治療。