嬰兒系統性紅斑狼瘡的治療主要是根據患兒的症狀來決定。對於只有環形紅斑皮膚改變的這種類型，一般不需要服用藥物治療，只需要觀察隨診就可以，大多數患兒的症狀可以完全消失。但是如果患兒合併了肝臟，腎臟甚至心臟損害，就需要治療。對於輕度的肝臟損害，如果是一過性的就可以觀察，不要用藥物治療。而對於合併嚴重的腎臟損傷，可能就需要應用激素。而對於嚴重的心室傳導阻滯，則需要放置起搏器。