目前本病的病因尚不明確。主要是因為機體的免疫功能紊亂及免疫調節障礙而引起的自身免疫性疾病。可能是由於本身屬於易感體質（比如有些孩子屬於過敏體質，容易患過敏性咳嗽、溼疹類疾病），加上受到外界的誘因，比如紫外線、藥物、感染等因素刺激，引起體內一系列免疫紊亂，產生此病。本病病情較為嚴重，如果不積極治療，可累積全身多臟器功能，造成衰竭。系統性紅斑狼瘡同兒童類風溼性關節炎一樣，同屬於小兒全身結締組織疾病。