幼年血清陰性脊柱關節病早期是不會致殘的。這個疾病在早期及時診斷，規律治療，能夠改善預後。但是如果患兒早期沒有得到及時救治，隨著時間的延長，成年時可能會出現骶髂關節、脊柱關節的畸形，出現脊柱強直而喪失勞動力，生活質量下降。有一部分患兒可能到了成年，會轉化為典型的強直性脊柱炎，需要長年應用藥物治療，控制病情。