瘧疾患者絕大多數是可以徹底治癒的，不會影響人的壽命，非洲瘧疾活不過40歲的說法是不正確的。瘧疾的病死率因感染蟲種不同而差異較大，間日瘧、三日瘧和卵形瘧病死率很低，而惡性瘧的病死率較高，嬰幼兒感染、延誤診治和耐多種抗瘧藥蟲株感染的病死率較高。腦性瘧病死率達9%-31%，而且可以出現偏癱、失語、斜視、失明、小腦共濟失調和精神異常等多種後遺症。
目前臨床上對於瘧疾的治療主要包括基礎治療和抗原蟲治療，基礎治療主要就是一般支持及對症治療，包括髮作期及退熱後24小時應臥床休息、注意補足水分等。抗原蟲治療是瘧疾治療的核心，選藥的原則根據診斷是否為惡性瘧原菌、血中原蟲的密度大小、病情輕重、是否來自耐藥流行區、當地瘧原蟲的耐藥類型來選擇藥物。世界衛生組織建議使用青蒿素衍生物與另一種有效的抗瘧疾藥物的聯合方案，這是目前最有效，並且可以避免瘧原蟲產生耐藥性的方法。