瘧疾的主要症狀為突發性寒戰、高熱、大量出汗，伴頭痛、全身痠痛、乏力。間日瘧、三日瘧早期，患者的間歇期可不規則，但經數次發作後逐漸變得規則，惡性虐的發熱無明顯規律性。典型的瘧疾可以分為潛伏期、寒戰期、發熱期、出汗期，共四個期。
瘧疾除了典型症狀外，通常伴有咳嗽、胸部和腹部的疼痛、厭食、嘔吐，以及不適感加劇。在兒童中，瘧疾可以表現為嗜睡、營養不良和咳嗽。發展到嚴重瘧疾時，通常可伴有以下一種或多種症狀，如昏迷、代謝性酸中毒、嚴重貧血、低血糖、急性腎功能衰竭或急性肺水腫等。