目前治療傷寒的首選藥物為第三代喹諾酮類藥物，包括左氧氟沙星、氧氟沙星、環丙沙星等。由於喹諾酮類藥物受到年齡、妊娠等因素的影響，故不適用於16歲以下的兒童、孕婦及哺乳期婦女。
傷寒藥物除了喹諾酮類藥物作為首選以外，第三代頭孢菌素類抗生素在臨床的應用也十分廣泛，併成為兒童和孕婦傷寒的首選藥物，包括頭孢噻肟、頭孢哌酮鈉、頭孢他啶和頭孢曲松等，傷寒的抗炎藥物療程一般為兩週左右。氯黴素曾經是傷寒的首選藥物，因出現多重耐藥及副作用較大，目前已很少應用。