結石引起的疼痛可以進行止痛的對症治療，比如腎結石掉到輸尿管中，會引起輸尿管強烈的痙攣，從而引起劇烈的腎絞痛。需要去醫院急診進行止痛治療，常用654-2、杜冷丁、嗎啡進行止疼，疼痛緩解以後再進行檢查和治療。
如果結石掉到輸尿管的末端，可能會刺激膀胱，產生尿頻、尿急、尿痛的症狀，可以用一些鬆弛膀胱肌肉的藥物。比如α受體阻滯劑，改善膀胱的痙攣症狀，幫助緩解疼痛。如果是尿道結石，也會引起劇烈疼痛，因為結石堵塞尿道而導致排尿困難，或者劃傷尿道黏膜也會引起疼痛。小的結石可以通過使勁排尿，把結石排出來，大的結石實在排不出來可以通過尿道鏡把結石推入膀胱。用異物鉗把結石夾碎取出，或者通過激光打碎結石再排出來。