慢性結腸炎，它的發病原因主要是免疫因素和遺傳感染因素導致的。主要表現為自身免疫和變態反應，在人體的免疫系統中，細胞免疫為人體主要的免疫，其中中性粒細胞和淋巴細胞，慢性結腸炎的發生，往往會引起大量淋巴細胞聚集於結腸周圍的淋巴結內，對抗發生腸繫膜感染及腸道粘膜損傷的病毒。在長期的炎症下，可以引起免疫細胞的增強。