慢性結腸炎的治療主要是包括幾個方面：第一藥物治療可以選擇1.氨基水楊酸製劑，典型代表為硫氮磺比啶，是治療本病的常用藥物，較適用於輕型、重型。或是經糖皮質激素治療已有緩解者。其他的氨基水楊酸製劑還包括有美沙拉嗪，奧沙拉嗪，其中美沙拉嗪近幾年較為常用。2.可以選擇糖皮質激素類，適用於對氨基水楊酸製劑療效不佳的輕、中型病人。3.可以選擇免疫抑制劑，適用於對糖皮質激素治療效果不佳，或是對糖皮質激素已產生依賴的病人。第二手術治療，主要針對腸穿孔，大出血，中毒性巨結腸及內科治療無效的患者。由於本病缺乏特異性治療，所以治療主要是以對症緩解為主。