絕大多數的肝膿腫，通過適當的治療，可以達到痊癒的治療效果。肝膿腫是肝臟在感染的基礎之上發生了病變，所以在治療上首先要控制感染。對於細菌性感染可以使用較大劑量的抗生素進行控制；對於阿米巴性肝膿腫，可以使用抗阿米巴藥物。在感染得到控制之後，對於較大的囊腫可以進行切開引流、手術切除等相關的治療。如果沒有引起肝臟功能的嚴重衰竭，大多數病人可獲得良好治療效果。