細菌性肝膿腫主要感染途徑有三個，首先是膽道，細菌可以沿著膽管上行，是目前引起細菌性肝膿腫的主要原因，可以見於膽道蛔蟲、膽管結石所造成的化膿性膽管炎。其次還可以見於肝動脈和門靜脈。前者是由於化膿性病變，比如說中耳炎、骨髓炎侵入肝動脈引起的；後者主要是見於壞疽性闌尾炎，細菌性痢疾等。最後開放性肝損傷時，細菌可以直接通過開放性的傷口侵入肝臟，從而引起肝膿腫形成。