對於肝門區的膿腫，首先應當選用敏感的抗菌藥物聯合應用，由於膿腫主要是革蘭氏陰性桿菌引起的，常見的有大腸桿菌，屎腸球菌。因此多選用第三代頭孢菌素聯合抗厭氧菌的藥物，如頭孢哌酮舒巴坦聯合奧硝唑。如果效果欠佳，還應當根據細菌培養結果，選用敏感的抗菌藥物進行治療，必要時還需要升級抗菌藥物，比如說應用亞胺培南西司他丁鈉，對於膿腫液化明顯可以考慮彩超或者CT定位下穿刺引流，同時向膿腔內注射抗菌藥物進行沖洗，一般可以取得很好的效果，但在穿刺過程中應當避免損傷第一肝門內的門靜脈，肝動脈以及肝總管等。