肝內膽管結石好發於肝左外側葉和肝右後葉，這根據患者的解剖結構所決定。肝內膽管結石比較小，沒有引起膽道梗阻的結石可以保守治療，可以服用熊去氧膽酸片等，定期觀察就可以。如果肝內膽管結石量比較大，引起膽道梗阻，這樣需要積極的治療，可以通過手術治療來治癒。
肝內膽管結石的發病率近年來逐漸有下降的趨勢，取而代之的是膽囊結石合併膽總管結石的發病率逐漸升高，主要是大家生活習慣的改變、飲食結構的變化所導致。