膽管結石治療很複雜，據不同情況採取不同治療。肝內膽管結石分佈散在量少，無肝形態學改變，無需特殊治療；肝內膽管結石伴有肝臟某段或葉形態學改變，如萎縮纖維化需切肝治療，廣泛的肝內膽管結石並有肝硬化則需肝移植。肝外膽管結石多為繼發性膽總管結石，需行膽總管切開取石T管引流，可據病情行腔鏡或開放手術，患者一般情況差，不適合手術，可行ERCP治療。原發性膽總管結石治療後易再發應加用優思弗治療。