膽管結石的治療，使用什麼藥物要根據結石產生部位、原因及大小決定。膽管結石根據部位分為肝內膽管結石和肝外膽管結石。肝內膽管結石通常是原發性的，與膽道梗阻及細菌感染有關，而肝外膽管結石通常繼發於膽囊結石排出到膽總管中，或者是某些少見的如先天性膽總管囊腫，因為膽汁流體動力學的改變，引起膽汁淤滯，繼髮結石。對於原發性的肝內膽管結石，主要是因為細菌感染和膽道梗阻，在出現症狀時主要使用抗生素類（頭孢類的藥物）以及消炎利膽片治療，膽總管結石如果單發且直徑小於0.5公分，可能經過抗生素以及消炎利膽片治療後排到十二指腸。繼發於先天性膽總管囊腫的膽總管結石通常都需要手術治療。