腸道易激綜合症的治療方法，主要是積極尋找病因，然後針對病因進行治療。可以用一些緩解胃腸痙攣和抗膽鹼的藥物來緩解腹痛，例如阿托品、普魯本辛等；同時可以應用一些匹維溴氨以及增強胃腸動力的藥物（如西沙比利等）進行治療；也可以應用止瀉藥物，例如複方地芬諾酯，配合抗抑鬱的藥物進行治療，例如阿米替林等；還可以用心理治療和催眠療法。