嚴重腦血栓可以存在不同的後遺症。如果是大面積的腦血栓，可以引起長期昏迷不醒，也就是平常所說的植物人，有可能終生無法恢復意識；還有一部分會導致一側肢體的完全癱瘓，生活無法自理；另外可以存在吞嚥困難、飲水嗆咳、語言不清，甚至失語的後遺症；還有一些可以出現反覆癲癇發作；也有一部分存在智力低下、反應遲鈍、記憶力下降等後遺症。