腦血栓後遺症沒有特效治療辦法，在腦血栓發病後，三個月仍然存在的症狀就成為後遺症了，這主要是因為腦組織和腦功能的受損導致的，恢復的希望很小。這可以通過做高壓氧治療來改善症狀和促進改善。另外要根據具體的後遺症情況選擇處理方法，存在肢體偏癱的要多幫助肢體做伸屈動作，多做肢體的熱敷和按摩處理，這樣可以改善循環，預防出現血栓，預防關節僵硬和肌肉萎縮，另外還可以做針灸治療。如果存在吞嚥困難導致無法正常進食，可以通過插胃管進行鼻飼流質飲食處理，另外有語言不清的，要多練習說話和發音。