顱咽管瘤全切後，五年內複發率為10%到17%，而且顱咽管瘤的復發，與手術的切除程度有密切的關係。有的患者因殘留部分細胞才導致顱咽管瘤，殘留的細胞和周圍組織黏連，腫瘤細胞一旦長到一定體積，手術很難將其清除乾淨，所以容易復發。顱咽管瘤復發後症狀和手術前的症狀是一樣的，表現為顱內壓增高，視力視野缺損，視力下降，尿崩症，激素分泌異常，腦積水好轉後又加重。