小腦扁桃體下疝手術需要俯臥位，在枕後做切口。手術方式是後顱窩減壓、硬腦膜擴大修補和下疝小腦扁桃體切除。首先要去除後顱窩的顱骨，然後將硬腦膜切開，用人工腦膜腱擴大修補腦膜，這樣能夠解除對於前方腦幹的壓迫，另外如果小腦扁桃體下疝超過0.8釐米，還需要將下疝的小道扁桃體切除。手術過程中用顯微鏡操作，這樣能夠儘量的避免對於血管和腦幹的損傷。