舌咽神經痛是因為患者的舌咽神經從腦幹發出來的這一部分，還沒有來得及形成神經鞘保護，容易受到附近小動脈搏動的騷擾，小動脈搏動刺激到舌咽神經表面的痛溫覺神經纖維，從而造成舌咽神經疼痛。患者表現為患側的咽後壁咽喉區域的黏膜部位，反覆的頑固的發作性疼痛。部分患者口服卡馬西平可以獲得緩解，徹底的治療方法還是微血管減壓術，除此之外是不可能自愈。