功能性胃腸炎的主要症狀就是慢性腹瀉，次數在一天十次左右，且大便時常伴有肛門重墜、裡急後重、大便急迫的現象。另外，陣發性、進行性腹痛也是功能性腸胃炎的常見症狀。除此之外，有些患者也會出現腹脹腸鳴、噁心嘔吐、頭暈頭重、倦怠乏力、發熱、便血等不適症狀，且不適症狀常在抑鬱煩躁、精神緊張後加重，常在嘆氣後較輕。