腎結石的症狀在男性和女性當中，沒有明顯的差異。如果腎結石位於腎盂腔內，患者多數無明顯臨床症狀，或者僅有輕微的隱痛、鈍痛症狀。當腎結石向輸尿管裡移出，形成輸尿管結石可以出現典型的腎絞痛症狀。腎絞痛症狀表現為突然發作的肋脊角和腰部的刀割樣疼痛，常伴有放射痛，受累部位為同側下腹部、腹股溝、股內側，女性常可以放射到陰唇。
血尿是腎結石的另外一個常見症狀，常常在腰痛後發作血尿，血尿產生的原因是結石移動，或者患者劇烈活動導致結石對集合系統的損傷。如果患者有感染可能就會存在發熱症狀。由於結石、梗阻、感染可以相互促進，腎結石造成梗阻可以繼發或者加重感染，出現腰痛或者高熱、寒顫。對於其他特殊類型的腎結石，比如獨立腎結石、雙側腎結石，患者可能會出現腎功能的異常，嚴重者可以出現尿毒症。