腸結核通常採用非手術治療，包括注意休息和加強營養，在這個基礎上進行抗結核治療，抗結核治療要求早期，規律，全程，適量，聯合使用抗結核藥物。抗結核藥物比如異煙肼，利福平，吡嗪酰胺，乙胺丁醇，鏈黴素等，同時需要注意腹瀉嚴重者應該保持水，電解質與酸鹼的平衡。對於完全性腸梗阻，急性腸穿孔，腸瘻，或者腸道大出血，不能有效止血的患者，需要進行手術治療。