腸結核患者通常不容易診斷，如果是有明確診斷的話，早期通常是採用抗結核治療，如果患者是出現有明顯比較嚴重的併發症時，可以進行手術治療，抗結核的治療應該是選擇足量並且規範的抗結核藥物至少是應用18個月，3到6個月是選擇四聯治療，為強化治療階段，後面的12到15個月是選擇異煙肼和利福平兩聯治療，屬於鞏固階段。