腸結核可以進行以下的實驗室檢查，可以進行血沉檢查，血沉多明顯增快，可作為估計結核病活動程度的指標之一。大便常規檢查中可以發現少量的膿細胞與紅細胞。腸結核大多寄發於肺結核，所以結核菌素試驗呈強陽性和結核桿菌t細胞斑點實驗陽性，均有助於本病的診斷。另外還可以進行X線鋇餐灌腸檢查，還可以進行結腸鏡檢查，在病灶處去活檢，發現肉芽腫，乾酪樣壞死或抗酸桿菌是可以確診。