腸結核做腸鏡是比較準確的，做腸鏡實時、直觀、彩色，能看見腸黏膜是否有紅腫、糜爛、潰瘍、白苔、潰瘍呈環形還是縱形等，可幫助判斷結核還是炎症性腸病，並根據需要進行活組織取檢，送病理檢查。但少數腸結核可以引起結腸縮窄、結核性腹膜炎、腸粘連，腸腔狹窄，做腸鏡時會有些困難，結腸鏡不能做到底，部分結腸、迴腸末端看不見，此時需要做鋇餐或鋇灌腸檢查，可起到補充作用。因這種檢查只能看到明顯的潰瘍、狹窄、包塊，其他內容一般不能明顯看見。