1、潰瘍型腸結核：腸壁的集合淋巴組織和孤立淋巴濾泡首先受累，呈現出腸壁的充血和水腫，進一步發展為乾酪樣壞死，並形成邊緣不規則、深淺不一的潰瘍。
2、增生型腸結核：病變多侷限在回盲部，黏膜下層及漿膜層可有大量結核肉芽腫和纖維組織增生，使局部腸壁增厚、僵硬，亦可見瘤樣腫塊突入腸腔。
3、混合型腸結核：兼有上述兩種病變。