非淋菌性尿道炎的症狀較淋菌性尿道炎的症狀輕，且不明顯，非淋菌尿道炎發病病程相對較長，治療時間長，症狀有尿疼，尿頻，尿道刺痛、癢，尿道會陰部不適，尿道外口輕微紅腫，有少量的分泌物，有些發現內褲上有散在汙垢斑點或片。有些是在清晨起床第一次排尿時發現尿道外口有少量稀薄的分泌物，或是膿性的分泌物，量比較少。一般多有不潔性生活，可通過性生活傳染。