米諾環素僅對部分支原體、衣原體引起的非淋性尿道炎有效。非淋菌性尿道炎是指淋病雙球菌以外其他致病微生物感染引起的尿道炎症性病變總稱，屬於性病。引起非淋菌性尿道炎的病原微生物有多種，常見的有衣原體、支原體、黴菌、滴蟲等。米諾環素屬於四環素族類抗生素，對於衣原體、支原體治療有效，而對黴菌和滴蟲無效。即使在支原體感染引起的非淋性尿道炎中，有一部分支原體會對米諾環素耐藥，因此需要行尿道分泌物的支原體培養加藥物敏感試驗，以確定支原體是否對米諾環素敏感，指導用藥。