非淋菌性尿道炎未經治療或者治療不徹底可以引起泌尿生殖系統的併發症，男性可繼發附睪炎或前列腺炎，病情嚴重者可出現不育；部分患者還可以出現免疫相關的Reiter綜合徵，即尿道炎、結膜炎和關節炎三聯徵。女性可繼發輸卵管炎、子宮內膜炎，宮外孕，不孕症及肛周炎症。新生兒經感染母親的產道分娩時可繼發感染引起結膜炎或肺炎。