胃食管反流病的治療主要是減輕症狀，促進黏膜炎症去恢復，治療併發症以及預防復發。由於酸反流是主要的病因，抑酸劑是目前最主要的治療用藥，若患者對抑酸劑常規治療無效，則應分析診斷是否正確，患者是否存在鹼反流或者有狹窄等併發症，同時要注意影響藥物的因素，如患者的依從性，不同個體口服質子泵抑制劑產生的生物活性差異，以及肝藥酶P450對質子泵抑制劑代謝的影響等。
大部分患者經過4-8周的初期治療症狀緩解，但多半在半年內復發，疾病複發率達到57%-90%，因此維持治療，防止復發尤為重要。維持方案有持續治療和非連續性的治療兩種：1、持續治療是在反流症狀控制後，使用常規劑量的抑酸劑。2、非連續治療可以是間歇給藥或者是按需給藥，間接給藥是指間隔一定的時間，按需治療是由患者決定用藥的時間，沒有固定的療程，出現症狀的時候用藥，症狀控制以後則停藥。非連續治療可以節省治療的費用，並減少長期連續治療後酸反分泌反彈，按需治療失敗者則可改為維持服藥，人可以獲得較好的療效。