輸尿管結石最主要的臨床表現是疼痛和血尿，疼痛的發生最典型症狀是腎絞痛，發作時表現為腰區或者脊肋角的突發銳利的疼痛，並可沿輸尿管行徑向下放射至同側的下腹部、陰囊、大陰唇，而下段輸尿管結石，尤其是壁間段結石，可以刺激膀胱壁引起尿頻、尿急、排尿困難的症狀。血尿在大多數患者中可以出現，其中10%為肉眼血尿，血尿是因為結石活動引起黏膜損傷而引起出血。其他症狀還包括感染和發熱，如果輸尿管結石梗阻，引起尿路的感染會造成患者發熱。噁心、嘔吐是由於輸尿管與胃腸道有共同的神經支配，其他如雙側輸尿管結石可以引起腎後性腎功能不全等。因此當輸尿管結石診斷明確後，需要及時處理，以免對腎臟功能形成影響。