主動脈夾層手術屬於比較大型的手術，手術比較複雜、手術時間長、影響的臟器比較多，所以術後可能發生的併發症也相對較多。主動脈夾層術後經常發生的併發症有：神經系統併發症，後遺症有：腦血管意外、截癱等情況，部分腦血管意外可以恢復，少部分可能遺留有腦血管疾病後遺症；泌尿系統併發症、後遺症有：早期可能會有急性腎衰的發生，通過治療大多的急性腎衰可以恢復，僅有少部分患者可能遺留有慢性腎功能不全等後遺症；另外，主動脈夾層支架置入術後也可能會有支架內漏的情況，也是主動脈夾層手術的後遺症之一。