到目前為止，血栓閉塞性脈管炎的病因不是十分明確，但是大部分患者存在免疫系統疾病，入院後要全面檢查免疫系統指標，如處於活動期，先給予免疫抑制劑的治療。同時對於有症狀的患者，要給予擴血管、抗凝、抗血小板的治療。擴血管的治療包括靜脈點滴凱時、前列地爾等，口服凱那、德納、安步樂克等擴血管藥物。抗血小板常用的有阿司匹林和波立維，可以任選其一。抗凝藥物，住院期間可以給予低分子肝素皮下注射。
對於中晚期的患者，可以考慮介入或者是開刀手術。介入可以選擇球囊擴張、支架植入術，開刀可以選擇大隱靜脈搭橋或者是靜脈動脈化等手術方式，但是無論是開刀還是介入手術，長期效果較差，截肢風險較高。