血栓閉塞性脈管炎最好發於下肢，表現是肢體的涼、麻、疼，到晚期可以出現靜息痛，嚴重的可以出現足趾和足潰瘍、壞疽，以及肢體的壞死，可導致截肢的風險。血栓閉塞性脈管炎可以發生全身其他臟器的血管，如腎動脈，也可以發生血栓閉塞性脈管炎。
早期可以導致腎功能的改變，嚴重的可以出現腎功能的衰竭。還有年輕的些患者可以出現頸動脈和椎動脈因脈管炎，而導致狹窄或閉塞，患者會出現頭暈、頭痛，嚴重的可以出現腦梗塞症狀，出現偏癱、失語等。對於此類患者，一定要明確是否存在免疫系統疾病，而是否處於活動期，要給予系統完整的治療，否則可能會導致生命危險。