先天性食管憩室的主要病因尚不明確，與先天發育異常有關，好發於先天發育異常者。此外，目前孕期受到外力撞擊和環境因素可能誘發先天性食管憩室。
一、主要病因
先天發育異常：目前的研究認為食管與氣管共同起源於前腸，故初級前腸的異常發育是導致食管憩室的根本原因。增生中嵴的異常，導致氣管食管分離障礙，從而發生氣管食管畸形。嚥氣管溝的尾側融合發生於妊娠第4周，此時嚥氣管從食管上逐漸分離出來，故推測誘發食管憩室的因素應當出現於妊娠第32天之前。可能與胎內壓過高、食管血供異常、局部組織分化生長異常等因素有關
二、誘發因素
1、外力撞擊：在妊娠第4周之前受到外力撞擊可能導致胚胎髮育異常，誘發先天性食管憩室。
2、環境因素：胚胎時期受到物理射線輻射或接觸有毒物質可能導致胚胎髮育異常，誘發先天性食管憩室。