肛周膿腫治癒的方法只有手術，且越早越好，在無條件或身體條件不允許手術的情況下可以選擇藥物治療。表淺的膿腫可選擇口服抗生素，一般用廣譜抗生素，並外塗百多邦、金黃膏、活血止痛散、四黃膏等。肛周膿腫屬於細菌感染，所以治療方案首選抗生素，但是由於此病進展非常快，所以臨床上一般都不推薦使用藥物，以免耽誤病情，反而導致症狀加重。