肝移植手術臨床上非常複雜的手術，而手術前很多患者都是終末期肝病，已經出現了嚴重的肝功能衰竭，存在很多併發症，因此早期最主要的風險主要是多器官功能衰竭。在度過多器官功能衰竭的風險以後，術後兩週以內還容易出現感染，這包括病毒感染、真菌感染和細菌感染等。這也是造成肝移植術後死亡的常見原因之一。此外另外一個比較重要的危險因素是排異反應，包括超急性排異反應、急性排異反應、亞急性排異反應和慢性排異反應，主要發生在術後三週內。對於急性排異反應的患者，如果移植肝臟失去功能，還需要再次進行肝移植手術。