肝移植併發症包括早期的併發症和遠期的併發症。最常見的早期併發症就是出血，還有就是術後的感染，感染不僅包括切口的感染，還包括肺內的感染，泌尿系統的感染。消化系統還有可能發生肝動脈血栓，動脈的狹窄，隱形的心臟病，還有感染性休克的發生。嚴重的還會出現心臟驟停。遠期的併發症就是肝移植後的排斥反應，還有肝功能的異常。