有極少數甲狀腺囊腫會自愈，其特徵是短期內新發的體積很小的良性病變。超過1CM的基本就沒有自愈的可能性了。甲狀腺囊性一部分是原發性的，一部分是甲狀腺結節囊性變而產生的。前者常為良性病變，後者中有少數病例有惡性可能。臨床上根據彩超檢查結果，體積較小的良性囊腫可以定期複查，觀察其變化，較大的囊腫或者有疑似惡性者，應及時手術治療。