甲狀腺囊腫手術的痛苦是很小的。甲狀腺手術通常採用全麻方式，手術過程中患者處於無意識狀態，不會感受到疼痛。當手術結束，麻醉作用消失後，患者大多開始感覺到頸部切口疼痛及咽部，氣管不適，術後的幾天內這種不適感仍會持續，但隨著恢復，這些不適感會逐漸減輕直至消失。但如果手術出現了併發症，如神經損傷，旁腺損傷，則有可能會給患者造成永久性的後遺症，會增加患者的痛苦。