甲狀腺功能減退，治療方法最簡單，並不是對因治療，而是進行甲狀腺激素替代治療。使用左甲狀腺素鈉，並定期複查，長期維持甲狀腺功能正常，不能自已自主進行，更不能隨意停藥。甲狀腺功能亢進有三種不同的治療方法，像抗甲狀腺藥物治療、甲狀腺手術治療，或者是碘-131治療，都能取到很好的效果，當然關鍵是醫生和患者共同來商議。
甲狀腺結節不需要特別治療，如果明顯增大，可能會進行手術治療。另外，甲狀腺癌通過及早診斷，早期進行手術治療，往往效果非常好。因為甲狀腺癌大部分都是高分化的甲狀腺癌，也就是惡性程度比較低，及早發現、及早治療，都能夠痊癒。另外，像有些甲狀腺炎，比如亞急性甲狀腺炎，還有叫做產後甲狀腺炎，有自限性，並不是醫生來幫治好，當然醫生治療可以減輕症狀。
另外，像橋本甲狀腺炎也是自身免疫性甲狀腺炎裡面最常見的一種，如果甲狀腺功能正常就不需要治療。如果橋本氏病合併甲減，就進行相應的甲狀腺激素替代治療。有些甲狀腺腫是由於地方缺碘，就需要在食鹽里加碘，飲食當中適當補充碘，就能夠幫助預防地方性甲狀腺腫，同時緩解症狀。甲狀腺疾病的治療是根據病因不同，採取的方法也不同，但是一定要正確診斷。