甲狀腺疾病有很多種，不同的甲狀腺疾病病因是不同的。常見的甲狀腺疾病有甲狀腺功能亢進、甲狀腺功能低下和甲狀腺腫瘤。甲狀腺功能亢進常見的病因是自身免疫性甲狀腺病，和遺傳、環境有關。環境中包括過度緊張、生活不規律、過多含碘食物的攝入都有可能誘發甲狀腺功能亢進的發生。
甲狀腺功能低下有可能是自身免疫性甲狀腺炎導致的，也有可能是甲狀腺手術或者碘-131治療後導致的。甲狀腺功能低下需要長期服用左甲狀腺素激素替代治療。甲狀腺腫瘤的發病率也很高，甲狀腺腫瘤發病原因到現在為止仍然不清楚。一部分甲狀腺腫瘤有家族史，有過頸部放射治療史的也容易患有甲狀腺腫瘤。所以總體來說，不同的甲狀腺疾病病因不同，需要具體的分析。