子宮一般很少能夠長出囊腫，大多數都是由於子宮肌瘤發生了玻璃樣變，繼續發展變成了肌細胞的壞死、液化從而產生了子宮肌瘤的囊性變，這個時候的子宮肌瘤變的很軟，有的時候很難與妊娠子宮或者是卵巢囊腫加以區別，在肌瘤內有可能還會出現很多大小不等的囊腔，期間會有一些結締組織相間隔，數個囊腔也有可能會融合成一個大的囊腔，腔內會含有一些清亮的、無色的液體，偶爾也可以凝固成膠凍狀，這樣的一種子宮肌瘤的囊性變是需要經過手術進行清除的。
另外，也有可能是子宮頸的腺體囊腫，子宮頸的腺體囊腫是納氏嚢腫，這大多數都是一種生理狀況，宮頸的鱗狀上皮在取代柱狀上皮的時候，可能會阻塞腺體的開口，或者是鱗狀上皮甚至能夠長入到腺管的內部，從而就會導致腺體分泌的液體引流不暢，從而就會形成瀦留的囊腫。個別的女性也有可能會在炎症的時候，鱗狀上皮阻塞了宮頸腺管的開口，從而形成子宮頸腺體的囊腫，這樣的子宮頸腺體囊腫通常情況下是不需要給予任何治療的。