會陰子宮內膜異位症和巴氏腺囊腫是完全不同病理類型的疾病，有以下區別：
第一、定義不同，會陰子宮內膜異位症是指有活性的子宮內膜細胞種植在會陰部位引起的一種臨床疾病；巴氏腺囊腫是因為巴氏腺的腺管開口阻塞而導致分泌物聚積而形成的一種囊性腫物，主要在外陰的開口處。
第二、臨床表現不同，子宮內膜異位症的臨床表現為在月經期間或者是經前疼痛、性交疼痛、月經異常，最典型的表現是同房疼痛、經前和經期疼痛、月經不規則等。巴氏腺囊腫的臨床表現，單純的囊腫可以沒有特殊的臨床症狀，只是在外陰有墜脹感或者是性交的不適，如果合併感染形成膿腫，會有疼痛波動感覺。
第三、病因學不同，子宮內膜異位症的病因學不十分清楚，主要有六個學說，包括種植學說、化生學說、良性轉移學說、醫源性內膜植入學說、免疫防禦功能缺陷和體內免疫功能缺如、遺傳因素。巴士腺囊腫的病因學比較簡單，主要是由於感染、先天性管腔狹窄或者閉鎖，或者是分娩時前庭大腺的損傷，而導致的巴氏腺腺口開口阻塞而形成的一種囊性腫物。
由於它們的病理表現、病因學、臨床症狀等都不同，所以在治療上也是明顯不同的，它是兩種完全不同的疾病。