發生在顱腦部位的子宮內膜異位症是一個非常罕見的臨床疾病，它的病醫學不明確，治療包括藥物、手術等綜合性治療。治療方式要依據子宮內膜在顱內發病的部位、臨床表現、病灶大小等來做綜合的治療和個性化的治療方案。
顱內的子宮肌瘤在治療上，需要的啟動多學科會診機制，共同商定治療方案。通常情況下，子宮內膜的治療主要是採用假絕經和假孕的療法來治療。應用激素類的藥物，使內膜活動停止生長而發生萎縮，而起到治療的作用，同時也可以用促性腺激素釋放激素激動性，比如戈舍瑞林來抑制卵巢功能，達到長效的抑制卵巢功能的作用。通常情況下，如果病灶比較大，要考慮手術治療，儘可能地切除病變組織，來達到治療的目的，如果是反覆發作或者手術比較困難，需要做卵巢的切除手術來去勢治療。